Olá!

Para gerar documento do Excel é melhor usar o Apache POI ou JExcel API?
Bom, eles são praticamente equivalentes, nenhum dos dois suportam os recursos avançados do Excel.
De um modo geral achei o JExcel API mais fácil de usar, mais leve e com muito menos dependência que o Apache POI HSSF. A desvantagem é que tem pouca documentação.
Esse link leva a um artigo comparativo mais detalhado.
Eu montei um projeto para o Eclipse com os dois para que vocês possam escolher. Os links estão logo abaixo.

Exemplo Apache POI HSSF
Exemplo JExcel API

Até mais,
Roberto